中心成立于2000年12月，為全額撥款的副廳（局）級公益一類事業單位，增掛重慶市救災防病應急處理中心、國家食品安全風險監測重慶中心等牌子，2023年12月增掛重慶市預防醫學科學院，系多所高等院校教學實習基地、研究生聯合培養基地、國家現場流行病學培訓基地、重慶市生物安全培訓基地、全市疾控系統進修培訓基地和重慶市公共衛生醫師規范化培訓基地。中心以“開展疾病預防控制，提高公共衛生能力，保障人民健康”為宗旨，主要承擔疾病預防與控制、消毒與病媒生物控制、免疫規劃、突發公共衛生事件預防控制、健康危害因素監測評價和干預、食品安全風險監測與食源性疾病控制、公眾健康和營養狀況監測與評價等13項職責任務，內設行政辦公室、黨委辦公室、科技信息處、人事處、資產管理處和應急處理辦公室6個職能處室和傳染病預防控制所、免疫規劃所、性病艾滋病預防控制所、地方病與寄生蟲病預防控制所、慢性非傳染性疾病預防控制所、消毒與媒介生物控制所、公共衛生安全與監測所、理化與衛生毒理檢測所、微生物檢測所9個專業所。中心儀器設備總值達3億元，取得國家級檢驗檢測機構資質認定12大類、95小類、1526項參數；取得中國合格評定國家認可委員會（CNAS）實驗室認可12大類、95小類、1488項參數。中心目前擁有的檢驗檢測儀器設備總值和實驗室認可參數在西南地區均位居第一。中心是西部地區唯一完成遷建的省級疾控中心，擁有2萬m2實驗室及動物房，面積位居西部第一。中心已經配備了超高效液相色譜串聯高分辨質譜2臺，高分辨Orbitrap氣質聯用儀1臺等高精尖設備，也是西部地區中唯一配備實時直接分析（DART）質譜離子源、MT50現場便攜式多級質譜系統的省級疾控中心。中心擁有1個固定BSL-3實驗室和2個移動BSL-2實驗室，具備新冠病毒、高致病性禽流感病毒、鼠疫耶爾森菌、埃博拉出血熱病毒和猴痘病毒（已通過評審）等病原微生物實驗活動資格，建成病原體測序溯源平臺和國家級流感、致病菌識別網絡實驗室，在全國率先分離出新冠病毒德爾塔變異毒株，在中國大陸地區首次檢測出猴痘病毒，是全國首批開展蜱傳疾病專項監測的工作單位。