中國科學院上海藥物研究所前身是國立北平研究院藥物研究所，創建于1932年，次年遷至上海，2003年搬遷至浦東張江高科技園區，是我國歷史最悠久的綜合性創新藥物研究機構。上海藥物所瞄準國際生命科學發展的前沿領域以及藥物研究的重要科學問題，開展創新藥物基礎和應用基礎研究，發展藥物研究新理論、新方法和新技術。重點圍繞治療惡性腫瘤、心腦血管系統疾病、神經精神系統疾病、代謝性疾病、自身免疫性疾病及感染性疾病等開展新藥研發，并加強現代中藥的研發。現設有五個國家級研究中心：新藥研究國家重點實驗室、國家新藥篩選中心、中藥標準化技術國家工程實驗室、國家化合物樣品庫、國家中藥質量第三方檢測（南方）中心，并建成了功能齊全、技術先進、綜合集成、無縫銜接、運行高效、國際規范的綜合性創新藥物研發體系。