上海交通大學腫瘤研究所（上海市腫瘤研究所）成立于1958年。1980年經世界衛生組織確認為世界衛生組織癌癥研究合作中心之一。屬上海市衛生局領導的獨立研究機構，2003年經教育部批準由上海市衛生局與上海市交通大學共建上海交通大學腫瘤研究所。上海交通大學腫瘤研究所主要由流行病學、生物化學及分子生物學、化學致癌、細胞與分子免疫學以及生化與分子診斷、實驗病理研究室、腫瘤病因學研究室、同位素室等組成。1985年經國家計委批準在生物化學及分子生物學研究室的基礎上，建立癌基因及相關基因國家重點實驗室。全所現有工作人員115人，其中科技人員106人，有中國工程院院士2人，具高級職稱者23人。上海交通大學腫瘤研究所的方向和任務主要是惡性腫瘤的流行病學與病因學研究，腫瘤發病機理的探索以及發展基因診斷和基因治療、細胞及免疫學診斷和治療等生物高科技研究，探索腫瘤防治的新途徑。上海交通大學腫瘤研究所各研究室擁有一批較先進的科學儀器設備，具有較好的研究實驗條件。癌基因與相關基因國家重點實驗室的主攻方向是腫瘤及細胞生長相關的人功能基因組學研究及基因治療研究。1996年由國家科委與上海市科委共建基因治療研究中試上海基地。先后與市臨床單位、中國科學院生物工程研究中心、復旦大學、肝癌高發現場啟東肝癌研究所等建立了合作網絡。“八五”和“九五”期間，上海交通大學腫瘤研究所承擔的國家項目有：“八六三”高技術、國家重點基礎研究(973)項目、攻關項目、自然科學基金重大項目等。此外，研究所還與國內外著名的大學、研究所聯合申請課題，進行多項合作研究。例如，與美國國立衛生院（NIH）/國立癌癥研究所（NCI）合作。在上海市區開展大規模全人群流行病研究課題。先后共發表600余篇學術論文，取得重要成果24項，授權專利3項。培養了博士后、博士、碩士等大批科研人才。上海交通大學腫瘤研究所與國內外交往非常密切，歷年來己與20多個國家和地區的科技人員進行了學術交流，還聘請了3位國外著名專家任研究室顧問。所內研究人員也經常應邀前往世界許多國家和地區參加國際性學術會議，考察訪問和合作研究等。上海交通大學腫瘤研究所自1979年起開始招收生物化學及免疫學專業碩士研究生，學位由第二醫科大學授予，1979年-1988年共招收和培養20名學生；1983年-1987年又掛靠在上海醫科大學公共衛生學院招收和培養流行病學與衛生統計學專業碩士研究生。畢業學生6名；自1992年起，至今培養和畢業了77名學生。研究所目前共有研究生導師十名（博士生導師4名、碩士生導師6名），招生專業為病原生物學、生物化學與分子生物學、免疫學、流行病學與衛生統計學。上海交通大學腫瘤研究所各研究室擁有一批較先進的科學儀器設備，具有較好的研究實驗條件。負責主辦的《腫瘤》雜志創刊于1981年，自1985年以來列為國家核心期刊之一。